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La flore et la faune de chaque région s'allient à ses caractères purement géographiques - rivières, montagnes, plaines - et à ses monuments culturels, pour lui donner sa spécificité. Les biologistes du XIX' siècle ont découvert que la distribution des animaux et des végétaux sur la planète n'est pas due au hasard, mais que les différentes formes s'unissent sur de très vastes territoires pour donner des associations caractéristiques. Certaines formes peuvent être communes à différentes associations, d'autres sont au contraire typiques et exclusives d'une association donnée. Les unités géographiques correspondent à peu de chose près aux continents, elles présentent un support géologique, un relief, un climat particuliers qui expliquent la variété de la faune et de la flore sur la terre. Cette réalité fut pour la première fois démontrée par un collaborateur de Darwin, A. R. Wallace qui divisa le monde en régions biogéographiques.  Sa répartition, quelque peu modifiée, reste encore valable de nos jours.

Chaque espèce animale existe sur un territoire géographique qui est son aire de distribution. Les aires peuvent dépasser les limites des régions biogéographiques ou se limiter au contraire à l'étendue d'une île ou d'une montagne. Dans les limites de leur aire, les espèces peuplent des sites présentant un certain climat et une certaine couverture végétale et s'intègrent ainsi à des communautés correspondant à ces zones, ou biomes. Dans le cadre d'un biome, chaque espèce recherche les stations qui présentent les conditions particulières auxquelles elle s'est adaptée et sans lesquelles elle ne peut survivre. Un certain nombre de facteurs externes, surtout climatiques (température, humidité, lumière, etc.) et édaphiques (composition et caractère du sol) interviennent pour définir les particularités du biome et de la station. Ces conditions influent directement sur la composition floristique et indirectement, par l'intermédiaire de la flore, sur la composition faunistique du biome. L'existence des animaux dépend étroitement de celle des plantes et certaines associations animales sont liées à tel ou tel type d'associations végétales. Ainsi, les organismes vivants et leur environnement inerte se trouvent étroitement liés les uns aux autres et exercent les uns sur les autres de nombreuses interactions. La composition de la faune des différentes régions biogéographiques résulte d'une longue et complexe évolution, à laquelle a pris part tout un ensemble de facteurs comme la distribution des foyers d'apparition des divers groupes animaux, leur adaptabilité et leur capacité de migration. Les déplacements des continents et la modification de leur relief ont eu une importance capitale, car ils sont à l'origine de l'apparition et de l'influence des barrières naturelles (mers, montagnes, déserts, cours d'eau). Ces barrières ont modelé les limites de l'extension des animaux souvent de manière définitive et leur influence a persisté souvent même après leur disparition (comme c'est le cas pour la faune néotropicale). Une des plus anciennes barrières, et aussi une des plus efficaces, est le détroit de Lombok dans l'archipel malaisien qui est le lieu de passage de la ligne de Wallace séparant la région orientale de la région australienne. Les îlots du détroit de Lombok constituent une zone de transition où la faune orientale (exceptionnellement riche en vertébrés) voisine avec la faune australienne (relativement pauvre en représentants de ce groupe). Lorsqu'on se déplace vers l'est, les animaux de la région orientale se font de plus en plus rares ; au contraire, dans la direction opposée, c'est le nombre d'animaux australiens qui diminue.

 

La portion émergée de notre continent est subdivisée en plusieurs ensembles de taille inégale : trois empires fauniques, cinq régions et sept sous-régions. Cette division correspond à une tentative de souligner les différentes phases de la séparation des faunes mondiales et de montrer les rapports qui existent entre les différentes régions. L'empire faunique nommé Mégagée (Arctogée) est le plus grand des trois et comprend la région holarctique, orientale et éthiopienne, la Néogée comprend la région néotropicale,  donc en fait l'Amérique du Sud, et la Notogée (le plus petit), la région australienne. Les limites entre ces régions sont nettement tracées sur les cartes ; en fait, il existe entre elles des zones de transition où on trouve un mélange des faunes et des flores des deux régions.

La région holarctique est la plus grande région zoogéographique du monde. Elle s'étend essentiellement sur la zone tempérée de l'hémisphère nord et comprend la majeure partie de l'Eurasie, l'Afrique du Nord jusqu'au tropique du cancer et l'Amérique du Nord. La faune et la flore de cette région ont été modelées par les effets des glaciations récentes et elles sont donc beaucoup moins variées que celles des région chaudes. Ces glaciations se sont déroulées en plusieurs étapes, ont duré au total environ 0,5 millions d'années et se sont terminées il y a environ 10 000 ans. A cette époque, l'Europe surtout souffrait d'un climat subarctique rude et de nombreuses espèces thermophiles ont disparu ou sont parties vers des pays plus chauds. Par contre, les progrès de la glaciation ont favorisé l'extension en Europe de diverses espèces subarctiques ou alpines. Après le recul des glaciers, ces espèces ont soit reculé vers le nord, soit se sont réfugiées en haute montagne et sont devenues une composante permanente de la faune européenne. Les espèces communes aux montagnes auropéennes et aux régions nordiques reçoivent le nom d'espèces boréo-alpines,  celles subsistant uniquement dans les montagnes européennes sont dites alpines, et celles qui sont uniquement nordiques sont dites boréales.

La région holarctique est généralement subdivisée en deux sous-régions, la néarctique (Amérique du Nord) et la paléarctique qui comprend tous les autres territoires. Le relief de la région holarctique est exceptionnellement varié et sa couverture végétale est diversifiée. Dans la région polaire enfouie sous les neiges et les glaces, on rencontre, en progressant vers le Sud et dans les deux sous-régions, les mêmes formations végétales de toundra et de taïga. Différents biomes leur succèdent : forêt feuillue décidue, forêt sclérophylle, steppe, semi-désert, désert. La région holarctique abrite surtout des animaux de taille petite à moyenne : c'est la patrie des cervidés, des sciuridés, des castoridés, des érinacéidés, des talpidés et comme oiseaux, des busards. Les deux sous-régions recèlent à la fois un grand nombre d'espèces identiques et certaines espèces voisines qui se remplacent mutuellement.

C'est dans la toundra et la taïga que l'on trouve les peuplements les plus voisins. Les animaux ont en effet pu franchir sans peine le détroit de Béring et occuper ainsi aisément toute la région circumpolaire.  C'est le cas des rennes, des élans, des ours polaires, des lemmings, des loups, des chouettes des neiges, etc. Plus on s'éloigne du pôle vers le Sud, plus les espèces communes aux deux sous-régions se font rares. Chacune de ces sous-régions est également peuplée d'espèces endémiques qui font son originalité. Ainsi, la sous-région néarctique abrite le pronghorn, le bison d'Amérique, les chiens de prairie, les mouffettes, les dindons sauvages, les crotalidés, etc., tandis que la région paléarctique est la patrie du bison d'Europe, du chat sauvage, des muridés, des dipodidés et des camélidés.

Les faunes de la région éthiopienne et de la région orientale prolongent sans discontinuité celle de la région holarctique. Aucune barrière infranchissable ne séparant ces régions, on y rencontre de nombreux groupes communs. La grande différence entre elles repose dans le climat tropical des régions éthiopienne et orientale dont la faune est par conséquent très riche et très diversifiée.

La région orientale comprend l'Inde et l'Indochine, la partie méridionale de la Chine et l'archipel malaisien y compris les Philippines. C'est le pays de la forêt tropicale. La faune rappelle celle de la région éthiopienne. Certaines espèces et groupes y sont endémiques, par exemple, parmi les primates supérieurs les gibbons, l'orang-outan, les macaques, parmi les singes inférieurs, les tarsiers et les toupayes, le tigre indien, et l'éléphant indien. La région orientale recèle, en comparaison avec d'autres régions, relativement peu d'espèces endémiques.

La région éthiopienne (africaine) comprend toute l'Afrique au sud du Sahara, la partie méridionale de la péninsule arabique et Madagascar. Bien que le relief soit ici très diversifié, qu'on trouve des forêts tropicales, des steppes et des déserts, c'est la savane africaine qui présente la faune la plus intéressante. Elle abrite des associations uniques et imposantes de périsso- et d'artiodactyles, zèbres, girafes, antilopes et de grands carnassiers, lions et guépards, ainsi que d'hyènes. Elle recèle nombre d'espèces et de groupes endémiques comme les macroscélididés, l'hippopotame et l'hippopotame nain, l'okapi, etc. D'autres groupes typiquement africains comme les rhinocérotidés,  les pongidés, les manidés et les éléphantidés sont également représentés dans la région orientale, mais par des espèces différentes. Les deux régions sont riches en insectes. La parenté des deux faunes témoigne donc d'une évolution similaire des deux régions.

L'île de Madagascar constitue une sous-région de la région éthiopienne. Elle abrite une faune particulière que l'on ne rencontre plus sur le continent africain, avec de nombreuses formes primitives comme les tenrécidés et différentes espèces de prosimiens tels les ayes-ayes, des serpents endémiques comme le boa de Madagascar (Sanzinia madagascariensis),  des geckonidés, un grand nombre d'insectes, etc. Il est intéressant de noter que Madagascar n'est la patrie d'aucun ongulé (à l'exception d'une espèce de porc), d'aucun primate supérieur et d'aucun grand carnivore. On sait que l'île s'est détachée du continent à la charnière de l'oligocène et du miocène, donc avant la pénétration de la faune eurasiatique sur le continent africain.

La région australienne comprend l'Australie, la Tasmanie, la Nouvelle-Guinée, la Nouvelle-Zélande et les îles voisines. De nos jours, son relief est essentiellement constitué par des plaines portant des formations végétales du type savane, semi-désert ou désert, avec, par endroits seulement, des forêts tropicales. C'est ici que l'on rencontre la plus ancienne et la plus étrange faune du monde, avec une prédominance de toutes formes de métathériens, quelques espèces de monotrèmes, ainsi que le barramunda, le kiwi ou le sphénodon (ou hattéria). Ces formes archaïques se sont maintenues et développées ici grâce à l'isolement insulaire qui les mettait à l'abri de la concurrence des mammifères évolués, car la région australienne s'est séparée du reste des terres émergées dans des temps très reculés. Parmi les mammifères placentaires, on trouve des chiroptères qui ont réussi à y parvenir grâce à leur faculté de voler, des muridés qui s'y sont progressivement introduits depuis les îles environnantes et le dingo qui est évidemment arrivé avec les premiers colons.

La région néotropicale comprend l'Amérique centrale et l'Amérique du Sud, la partie tropicale du Mexique et les îles antillaises. La végétation est ici très diversifiée, d'allure résolument tropicale. La faune est fortement marquée par la longue isolation du continent sud-américain durant l'ère tertiaire.

Les premiers habitants de l'Amérique du Sud furent des édentés, des ongulés et des marsupiaux de nos jours éteints qui s'y installèrent à l'époque où les deux parties du continent américain ne faisaient encore qu'un tout. Pendant les millions d'années que dura ensuite l'isolation de la partie sud-américaine, on y vit apparaître des associations insulaires animales et végétales tout à fait particulières. Lorsque, il y a quelque trois millions d'années, l'isthme unissant les deux Amériques se fut formé, les deux faunes nord- et sud-américaines commencèrent à se mêler. Des formes animales évoluées commencèrent à pénétrer au sud (lamas, tapirs, carnivores), à s'y acclimater et à repousser les espèces anciennes. Ainsi, environ la moitié des mammifères sud-américains sont en fait originaires d'Amérique du Nord. Quant aux espèces qui s'aventuraient vers le nord, elles n'ont généralement pas résisté à la compétition et ont peu à peu disparu.

La région néotropicale se caractérise surtout par la présence de tatous, de paresseux et de fourmiliers, de lamas, de tamarins, de cébidés, de desmodontidés. On y rencontre aussi la lépidosirène, l'anaconda et les colibris. Les insectes y sont représentés par un nombre incalculable d'espèces de toutes formes.

Même la distribution actuelle des animaux dans le monde n'a rien de constant. Les transformations du milieu environnant se répercutent sur elle. Les interventions humaines sont souvent importantes et quelquefois peu délicates. L'homme détruit la couverture végétale naturelle pour la transformer en steppe culturale, utilise des produits herbicides et insecticides, importe et acclimate des végétaux étrangers par lesquels il remplace la végétation spontanée. Tout cela a pour effet de faire disparaître certaines espèces ou certains groupes animaux, ou de réduire sensiblement l'aire d'autres organismes. Par contre, il est des espèces qui se sont extraordinairement étendues, grâce à l'action directe ou indirecte de l'homme.